Pada 1962, setahun selepas penubuhan SNAP, Thomas Kana, seteru lama dan rakan sekerja Stephen Kalong Ningkan semasa mereka berkhidmat di hospital Kuala Belait Brunei, telah membantu menubuhkan Parti Pesaka Anak Sarawak (PESAKA) sebuah lagi parti kaum Iban yang terus memecah-belahkan masyarakat Dayak. PESAKA kemudiannya bergabung dengan Parti Bumiputera yang merupakan gabungan Barisan Rakyat Jati Sarawak (BARJASA) dan Parti Negara Sarawak (PANAS) untuk membentuk Parti Pesaka Bumiputera Bersatu (PBB) pada 1973. Permusuhan itu sentiasa menjadi 'duri dalam daging' dalam konteks perpaduan masyarakat Dayak di Sarawak selama ini.[perlu rujukan]

Pada 1981, Datuk Amar Dr. Leo Moggie Anak Irok bersama Daniel Tajem setelah gagal menjatuhkan Datuk Amar James Wong Kim Min dan telah berpecah dari Parti Kebangsaan Sarawak (SNAP) untuk menubuhkan parti serpihan baru Parti Bansa Dayak Sarawak (PBDS) dan mendaftarkannya pada 1983.

Pada 1987, dalam krisis Ming Court Affair telah melemahkan kekuatan SNAP apabila beberapa wakil rakyatnya telah meninggalkan SNAP dan bertanding sebagai pembangkang menentang Barisan Nasional.

Pada 1996, Dr. Patau Rubis yang dipecat dari kabinet negeri Sarawak pada Oktober 1995 dan seterusnya dari SNAP telah menubuhkan Parti Reformasi Negeri atau State Reform Party (STAR) pada 9 Oktober 1996.

Pada 2002, SNAP sekali lagi bergelumang dalam kekalutan kepimpinan apabila presidennya Datuk Amar James Wong Kim Min memecat bendaharinya yang juga ahli parlimen Bintulu, Tiong King Sing pada bulan April atas sebab disiplin dan memulakan perpecahan kepimpinan parti berbelah dua puak, satu diterajui oleh presiden James Wong disokongi timbalannya Peter Tinggom[4], dan satu puak lagi diketuai oleh naib presidennya yang berimpian tinggi, Datuk William Mawan Ikom. Krisis perpecahan SNAP ini telah menyebabkan SNAP sebagai parti bangsa Dayak tertua negeri Sarawak yang telah berusia 41 tahun telah diisytiharkan pendaftarannya dibatalkan pada 5 November 2002 oleh Pendaftar Pertubuhan (ROS). Datuk William Mawan Ikom telah menubuhkan parti serpihan baru Parti Demokratik Progresif Sarawak atau Sarawak Progressive Democratic Party (SPDP) 4 hari kemudian yang diluluskan pendaftarannya oleh ROS pada 9 November 2002[5][6] dan menyertai Barisan Nasional.

SNAP telah merayu semula kepada Mahkamah Rayuan terhadap keputusan Mahkamah Tinggi Kuala Lumpur pada 29 September 2006 yang mengekalkan keputusan ROS pada 5 November 2002 membatalkan pendaftaran SNAP, dan berjaya mendapat pelepasan dari Mahkamah Rayuan untuk beroperasi seperti biasa dengan menangguhkan penguatkuasaan keputusan Mahkamah Tinggi sebelum itu sehingga keputusan mahkamah dibuat berhubung semakan semula mengenai pembatalan pendaftarannya dan sementara prosedur rayuan perundangan berjalan.[7] Mahkamah Rayuan akhirnya telah memutuskan pada 23 Jun 2010 untuk membatalkan keputusan pembatalan pendaftarannya oleh ROS lapan tahun yang lepas.[8]

Edwin Dundang Bugak telah dipilih sebagai Presiden SNAP pada 18 Mei 2003 sehingga kini mengantikan Datuk Amar James Wong yang berundur setelah memegang tampuk pimpinan parti selama 22 tahun dan beliau dilantik sebagai Penaung dan Presiden Seumur Hidup SNAP.[9] Datuk Amar Wong walau bagaimanapun telah meletak jawatan dan berundur dari SNAP.[10]